когда нужно регистрировать оружие при перелёте? до или после регистрации на рейс и каким приказом это регулируется?

Разработанная на основании Приказа Федеральной службы воздушного транспорта РФ и МВД РФ от 30 ноября 1999 г. №120/971 Инструкция о порядке перевозки воздушными судами гражданской авиации оружия, боеприпасов и патронов к нему, специальных средств, переданных пассажирами для временного хранения на период полета определяет порядок перевозки оружия, боеприпасов и патронов к нему, специальных средств, переданных для временного хранения на период полета пассажирами, имеющими соответствующие разрешения на их хранение и ношение, а в необходимых случаях - на ввоз оружия на территорию РФ и вывоз из РФ.
Прием оружия к перевозке, оформление соответствующих документов, доставку на борт воздушного судна гражданской авиации в аэропорту отправления и выдачу оружия в аэропорту назначения осуществляют уполномоченные сотрудники Службы авиационной безопасности аэропорта.
Контроль за соблюдением порядка перевозки оружия воздушными судами осуществляют органы внутренних дел и службы авиационной безопасности аэропортов в соответствии с законодательством Российской Федерации.
При посадке (высадке) пассажиров на посадочных площадках и аэропортах (аэродромах) , где отсутствуют службы авиационной безопасности, прием оружия к перевозке, оформление соответствующих документов, доставку на борт воздушного судна и выдачу оружия осуществляет член экипажа воздушного судна, назначенный командиром воздушного судна ответственным за сохранность и перевозку оружия.
Оружие пассажиров, имеющих право на его хранение и ношение, в обязательном порядке передается уполномоченному лицу для временного хранения на период полета в аэропорту отправления и выдается владельцам по окончании полета в аэропорту назначения.

см. также:
- Приказ ФСВТ РФ №120, МВД РФ №971 от 30.11.1999 "Об утверждении Инструкции о порядке перевозки воздушными судами гражданской авиации оружия, боеприпасов и патронов к нему, специальных средств, переданных пассажирами для временного хранения на период полета" (Зарегистрировано в Минюсте РФ 24.04.2000 №2200);
- ФЗ от 13.12.1996 №150-ФЗ (ред. от 10.07.2012) "Об оружии"