Тут все зависит от того, была ли оформлена вам отсрочка от призыва или нет.
Если отсрочка была оформлена, то ежегодно в сентябре вы обязаны подтвердить свое право на отсрочку справкой установленного образца, выдаваемой по месту учебы. Если справка своевременно попадет в ваше личное дело, то никто тебя беспокоить не будет.
Если отсрочка не оформлена, то военкомат вправе вызвать Вас на мроприятия, связанные с прохождением призыва на военную службу, в том числе на медкомиссию. Желание воспользоваться правом на отсрочку по учебе призывник должен подтвердить лично на призывной комиссии, при этом в личном деле у вас уже должна быть справка ВУЗа.
И еще не все Вузы дают право на отсрочку. И право на отсрочку по учебе в учебном заведении одного уровня дается призывнику только одни раз.