На сколько будет ощущаться разница между дисплеями смартфонов:

Принципиального отличия визуально без каких-либо приборов вы не уловите. Пиксели сможете увидеть, только если с лупой сидеть и всматриваться.
Сижу сейчас и смотрю Note2 c его 720x1280 диагональю 5,5. Ну не улавливает мой глаз никакой зернистости экрана, при этом зрение отличное.
Хотя первый вариант 540x960 5" - в некоторых условиях может и давать знать о себе, например при чтении шрифтов небольшой величины.