Как в универах сейчас проверяют дипломы на плагиат? Что за программы используются и насколько тщательно это делают?

В каких университетах и с помощью каких программ - этого Вам никто не скажет. Проверяют в 180 российских университетах. Довольно тщательно. После автоматической проверки работу обязательно внимательно прочитывает преподаватель и принимает решение о степени плагиата в работе, ее качестве и допуске к защите