Действительно, по закону граждан, отбывающих наказание, должны были документировать паспортом в отделении ФМС по месту нахождения колонии-поселения. Но теперь, если поезд уже ушел, и человека освободили, выдав только справку, то он должен обратиться в отделение ФМС по месту своего проживания на свободе. Из вашего вопроса не все понятно, поэтому пишу оба варианта:
1. Если у человека никогда не было никакого паспорта, то в ФМС будут определять его гражданство, и если он является гражданином РФ, его документируют паспортом РФ.
2. Если когда-то паспорт РФ человек получал, будет заведено дело об утрате паспорта, и выдан новый паспорт РФ.
Если у человека не сохранились св-ва о рождении, браке (разводе) , то по справке об освобождении в соответствующем отделе ЗАГС он может получить повторные свидетельства. Они потребуются для оформления паспорта.