отвечать нужно только на замечания рецензии. если их нет, то и отвечать ничего не надо.
далее. если вы можете достойно ответить на замечания, то отвечаете, если нет, говорите, что "вы учтете это при дальнейшей разработке".
вообще все зависит от замечания. например, цитирую вас: "не использовала какие-то методы". а вы обязаны их использовать? если это ваше исследование, вы можете использовать те методы, какие захотите. и если вы достигли результата, то это замечание субъективно и несущественно.
"не рассмотрела вопросы, исследование которых обогатило бы мою работу" - опять же. если вы достигли поставленных целей и выполнили поставленные задачи, рассматривая свои какие-то вопросы, то есть их оказалось необходимо и достаточно, чтобы осветить проблему исследования, то все в порядке. помните, что это ВАШЕ исследование, которым вы долго занимаетесь. а рецензент всего 10 минут читал вашу работу. кому виднее, как лучше? :))))
удачи))))