Военком, скорее всего, неправ. Или у тебя другие обстоятельства, чем описываешь в вопросе.
Согласно статье 24, пункт 2
Подпункт а:
Право на отсрочку от призыва на военную службу имеют граждане, обучающиеся по очной форме обучения в в государственных ВУЗ-ах по:
абзац 6:
программам бакалавриата, если они не имеют диплом бакалавра, диплом специалиста или диплом магистра (это твоя первая отсрочка) .
абзац 8
программам магистратуры, если они не имеют диплом специалиста или диплом магистра и поступили в указанные образовательные учреждения в год получения квалификации (степени) "бакалавр" (эта отсрочка, на которую ты претендуешь) .
Далее в Законе прописано, что:
Предусмотренная настоящим подпунктом (подпунктом а) отсрочка от призыва на военную службу предоставляется гражданину только один раз, за исключением одного из случаев, если:
первая отсрочка от призыва на военную службу была предоставлена гражданину в соответствии с абзацем шестым настоящего подпункта, гражданин может повторно воспользоваться правом на отсрочку от призыва на военную службу в соответствии с абзацем восьмым настоящего подпункта.
Все это означает, что ты имеешь право на отсрочку для обучения по программе магистратуры. Для этого нужно выразить cвое желание воспользоваться данным правом на РПК.