Как запустить приложение для Linux на сервере ?

Точно так же как и на домашней машине - установить штатными средствами дистрибутива и настроить. Единственная разница - если сервер стоит где-то далеко, подключаться к нему надо не непосредственно, а через ssh: http://ru.wikipedia.org/wiki/Ssh
Введите адрес, логин, пароль - и получите обычную консоль.