Понятия дух и душа возникли из наблюдения. Вот человек, или животное. Пока живет - двигается, и дышит. Умер - не двигается и не дышит. По известному софизму "пост хок эрго проптер хок", то есть "после этого есть вследствие этого", древние люди связали каузальной связью два последовательных во времени события. Прекращение дыхания и движения - со смертью. И объяснили это - вылетом из тела некоей гипотетической сверхъестественной субстанции - души или духа - при последнем вздохе умирающего. Они опирались на эмпирическое же понимание закона сохранения энергии. Но еще не понимали, что такое информация, и функциональная зависимость. И бритва Оккама им еще не была ведома. А потом это архаичное измышление обросло мифологигией, стало религией, обзавелось жреческой бюрократией, инабрало такую инерцию в массовом сознании, что продержалось почти до 19 века, а кое-где держится и сейчас...