По последним данным в Аксу-Жабаглинском заповеднике зарегистрировано 63 вида мхов, 63 вида водорослей, 64 вида лишайников из 30 родов, 235 видов грибов.
Грейга тюльпан - Tulipa Greigii
Растения заповедника, занесенные в Красную книгу Казахстана
Юнона архидная
№
Наименование вида
Категория редкости по Красной книге КазССР (1991)
•
Борец таласский
Редкий вид, сокращающий численность
Адиантум венерин волос
Очень редкий вид
Аллохруза качимовидная
Редкий вид с сильно сократившейся численностью
•
Анафалис кистеносный
Редкий
•
Лук пскемский
Редкий с сокращающимся ареалом
•
Береза таласская
Редкий, узко эндемичный
•
Каркас кавказский
Редкий на северо-востоке ареала
•
Василек туркестанский
Редкий вид
•
Безвременник желтый
Редкий
•
Аронник Королькова
Редкий эндемичный вид
•
Щитовник мынжилкинский
Очень редкий, узкоэндемичный, реликтовый, на грани уничтожения
•
Бересклет Коопмана
Очень редкий, реликтовый
•
Иридодиктиум Колпаковского
Сокращается ареал и численность
•
Можжевельник зеравшанский
Редкий со снижающейся численностью
•
Юнона голубая
Редкий с небольшим ареалом
•
Юнона орхидная
•
Пренантес (Латук) удивительный
Редкий эндемичный
•
Яблоня Недзвецкого
Очень редкий, почти эндемичный, исчезающий
•
Яблоня Сиверса
Сильно сокращающаяся численность
•
Люцерна бледно-желтая
Редкий эндемичный
•
Морина кокандская
Реликтовый редкий
•
Остролодочник каратавский
Редкий, эндемичный
•
Остролодочник таласский
Очень редкий, узкоэндемичный
•
Первоцвет Минквиц
Редкий, эндемичный
•
Ложнопустынноколосник Северцова
Редкий
•
Ложноочиток каратавский
Редкий узкоэндемичный
•
Рафидофитон Регеля
Редкий, эндемичный, реликтовый
•
Смородина Янчевского
Сравнительно редкий
•
Рябина персидская
•
Эминиум Лемана
Редкий, узкоэндемичный
•
Дремлик болотный
Очень редкий вид
•
Шлемник почтидернистый
Очень редкий эндемичный
•
Козополянския туркестанская
Редчайший, реликтовый, эндемичный, исчезающий
Тюльпан Грейга
Редкий эндемичный
Тюльпан Кауфмана
Редкий с сокращающимся ареалом
Угамия ангренская
Редкий, узкоэндемичный
•
Унгерния Северцева
Редкий Западного Тянь-Шаня
Медиазия крупнолистная
Редкий
Ковыль каратавский