В плане работы по договору подряда, пришлось обслуживать стройку. Как правильно оформить эти доп. работы?

Обычно дополнительными соглашениями и сметами к договору.
Но можно и отдельными договорами.
По мелким договорам часто просто тупо выписывают наряд-заказ на каждую дополнительную мелкую работу.