Оценки в диплом выставляются из ведомости, или из зачетки? потому что в зачетке одна оценка а в ведомости другая?!

Только из ведомости, там есть подпись преподавателя непосредственно в день сдачи. А в зачетку оценки выставляет староста, преподаватель, как правило, не сверяет их. Тем более, что к этому моменту уже проходит достаточно много времени. Если экзамен был письменным, то можно поднять работу (они сохраняются) , а если устный, то усилия бесполезны - поезд ушел

Официальным источником считаются ведомости. Идите разбираться с методистами и преподавателем.