НК не устанавливает зависимости между возникновением у сотрудника права на стандартный вычет и месяцем, в котором подано заявление о его предоставлении. Срок подачи таких заявлений также не установлен.
Поэтому, если представленные сотрудником документы подтверждают, что он имел право на вычет с начала года, организация может уменьшить его налоговую базу по НДФЛ начиная с января, независимо от того, в каком месяце сотрудник подал заявление о предоставлении вычета (напр. , см. письмо Минфина России от 18 апреля 2012 г. № 03-04-06/8-118).
Если в результате пересчета налоговой базы у сотрудника возникнет переплата по НДФЛ, излишне удержанную сумму налога ему нужно будет вернуть в порядке, предусмотротренном ст. 231 НК.