Полностью аксиоматизировать даже математику не получается. Если сомневаетесь, почитайте про теорему Гёделя.
Что же касается физики, то наблюдение или эксперимент -- это не аксиомы, и результаты этих наблюдений -- тоже не аксиомы. Аксиомы надо еще сформулировать, анализируя эти результаты. Собственно, в физике именно это и происходило неоднократно. Скажем, Эйнштейн сформулировал парочку "аксиом" и вывел из них специальную теорию относительности. Но физика отличается от математики еще и тем, что одной только внутренней непротиворечивости в ней недостаточно. Следствия из физических "аксиом" должны тщательно проверяться на опыте, и если они не подтверждаются, то "аксиомы" надо подправлять, а то и вообще заменять.
На сегодняшний день в физике есть большие "разделы", которые по отдельности более-менее можно считать "аксиоматизированными". Скажем, квантовая механика и общая теория относительности. Но срастить эти теории вместе пока не получается, а без "сращивания" ни одна из них не описывает _все_ природные явления адекватно.
Так что физики очень хотели бы разработать полное описание природы на основании какого-то небольшого числа общих принципов (в идеале -- _одного_ принципа) , но пока что до этого еще очень далеко.
По поводу ответа Дяди Мити (см. ниже) : к принципу наименьшего действия, кроме барабана на шею, нужен еще и правильный Лагранжиан. И вот тут-то и начинаются проблемы.. .