Разница программирования на java для Windows и Linux Оказалось есть разница! Знаете по поводу аетого какую-то литературу

Ну конечно есть. А вы что, поверили тем неучам, кто пишет, что на джаве можно написать прогу, которая будет работать и на винде, и на андроиде, и на зажигалке сразу?
Может ещё её код мелом на школьной доске написать и на доске тоже окошко появится?

ОСи разные. У винды много фич, которых нет у линукса, и наоборот.

Поэтому естественно полная кроссплатформенность невозможна.

Читайте документацию и экспериментируйте.

Обычно проблемы со сторонними библиотеками, которые используют фичи доступные только под конкретной ОС, например WinAPI.