есть три параметра, которые можно крутить - выдержка, диафрагма и чувствительность (ISO). Все вместе они отвечают за "яркость" фотографии.
Допустим, Вы ставите очень короткую выдержку, тогда надо или
- увеличить количество света на объекте (например, добавить ламп в помещение)
- открыть диафрагму пошире (есть есть куда)
- увеличить чувствительность (получив более шумную фотографию)
Вы, видимо, крутите только один параметр, вот и получается, что выдержка становится короче, света попадает меньше и кадр становится темнее.
В режиме же S, камера Вам старательно мигает значением диафрагмы, пытаясь сказать, что для этой выдержки при данном количестве света нет подходящей диафрагмы. Вы игнорируете ее протесты и получаете темный кадр.
Ну и последнее - описали бы задачу целиком (что снимаем, где, на какую камеры, зачем 1/4000), Вам бы и подсказали, что делать.