Да, со всех доходов.
Статья 129 ТК РФ разъясняет, что является заработной платой (оплатой труда работника) - это вознаграждение за труд в зависимости от квалификации работника, сложности, количества, качества и условий выполняемой работы, а также компенсационные выплаты (доплаты и надбавки компенсационного характера, в том числе за работу в условиях, отклоняющихся от нормальных, работу в особых климатических условиях и на территориях, подвергшихся радиоактивному загрязнению, и иные выплаты компенсационного характера) и стимулирующие выплаты (доплаты и надбавки стимулирующего характера, премии и иные поощрительные выплаты) .
Поэтому премии включаются в облагаемый налогом доход физического лица. О необлагаемых доходах смотрите ст. 217 НК РФ.
Вы расчетный листочек получаете на руки? Там четко видно, что налог берется со ВСЕЙ суммы ( оклад плюс премия)