После окончания мед. колледжа в институт идешь на первый, или на третий курс?

Почитай на сайте колледжа, обычно на 2-3 курсы. Все зависит от колледжа.

По правилам зачиляют Вас всё равно на 1-й курс, но учиться будете по сокращенной программе, 2-3 года, в зависимости от специальности и количества перезачтенных дисциплин.