военнослужащ. госуд. дает квартиру определенной площадью, можно ли за доп. площадь расплатиться материнским капиталом?

Можно: в законе это является одним из оснований распоряжения средствами капитала (частью средств) - улучшение жилищных условий. Необходимо написать заявление в Пенсионный фонд о распоряжении средствами материнского капитала, где нужно будет указать направление использования материнского капитала.