Почему воевали Гиперборейцы с Атлантами?

Молились они одним и тем же богам, или по научному: брали энергию из одних и тех же источников. Вот и не хватало на всех. Правда энергией пользовались только Гиперборейские Ведьмы и Атланские служители культа, но все равно не хватало.
Правда Плиний Старший считал что войну начали Атланты от зависти, так как Гиперборейцы были практический бессмертны, и умирали только когда им надоедало жить (у него это звучит как «Смерть приходит там только от пресыщения жизнью») . Ну смертные Атланты не могущие достичь такого уровня, решили отпустить Гиперборейцев до своего.

Они не могли воевать, поскольку относятся к разным историческим эпохам.

Как всегда в таких случаях. Гиперборейцы крестились двумя пальцами, а Атланты - тремя. Поэтому и ненавидели друг друга. И произошла бойня.
Религиозные войны - чего с них взять)

в каком месте?
одни жили на севере, другие настолько на юге,
что даже греки о них не слышали..

Они не воевали, не было причин.; )
У гиперборейцев не было физического тела, да и между этими эпохами еще Лемурийцы жили.