Для того чтобы попасть в КУДИР зарплата должна быть начислена и выплачена по ведомости. В вашем случае возможны следующие варианты:
1) По ведомости выдано больше чем начислено (выплатили аванс) . Исправление - не требуется, при начислении зарплаты вся сумма попадет в расходы.
2) Сначало сделали ведомость, потом доначислили зарплату (нарушена последовательность документов) . Исправление - Восстановить последовательность документов.
3) У некоторых сотрудников есть начисления, у которого "отражение в бухучете" ->Налоговый учет УСН -> стоит признак "Непринимается". Исправление - поправить справочник "Способы отражения затрат.
4) Совмещение УСН с ЕНВД, т. е. зарплата некоторых сотруднков распределяется между УСН ЕНВД, либо полностью относятся к ЕНВД. Исправление - не требуется, при необходимости перепроверить.
Проверьте еще раз ведомость и посмотрите на какую сумму рвет. Попробуйте эту операцию удалить и провести по новой.
по какой ведомости? начисления или выплаты? Отражается только выплаченная зарплата, а не начисленная, и еще идет увязка с ндфл (возможно есть долг по налогу) или выплатили больше чем начислено. Ищите сумму расхождения и смотрите обороты (карточки счета) по 70 и 68.