Подскажите если я уже трудоустроен, можно ли мне зарегистрировать ИП и надо ли согласовывать с руководством. Спасибо!

Если вы гос. служащий, то нельзя. А если запретов нет, то открывайте ИП.

Еще нет такого законодательного акта, обязывающего вас согласовывать с руководством любые ваши действия, не относящиеся к выполнению вами условий трудоого договора, заключенного с данным работодателем. Внимательо его прочитайте, может в нем вы обязуетесь не разгалшать коммерческую тайну данного работодателя, но собираетесь использовать в своей деятельности ИП его разработки - это уже наказуемо.