Нормы какого права нарушены: менеджер опоздал на работу на 40 минут. дисциплинарное или трудовое право?

Вы допускаете путаницу в терминах.
Нарушено трудовое законодательство (право) , а налагаемое взыскание является дисциплинарным наказанием.

Если менеджером Вы называете не простого бухгалтера, то у руководителя какие могут быть опоздания? В любом случае это может решить вышестоящий начальник. Если таковой имеется у этого босса. В принципе, у начальства день ненормированный и ему можно бы самому определять, когда и как начинать и заканчивать работу. Лишь бы люди не страдали от его отсутствия.