Как называлась протестанская церковь в 17 веке?

"Протестантской церкви" нет и не было. Есть множество разных церквей, объединенных понятием "протестантизм". Первые протестантские церкви отпали от римской католической церкви в 16-м веке, это лютеранство, цвинглианство, кальвинизм, анабаптизм, меннонитство, англиканство. Так что в 17-м веке речь могла идти об одной из этих церквей.
Впоследствии количество протестантских церквей сильно увеличилось - появились Евангельские христиане, баптисты, адвентисты, методисты, квакеры, пятидесятники, Армия спасения и многие другие.
Подробнее - здесь:
http://ru.wikipedia.org/wiki/Протестантизм