можно ли чем-то заделать глубокую царапину на ламинате?

Конечно можно использовать синтетическую шпатлевку. Подогнать её под цвет ламината, отшлифовать её. Но все рано заметно будет. Рассмотрите вариант по переборке пола. Испорченную доску можно использовать в месте не заметном глазу.

придется периодически грунтовать в тон

Да. - есть шпатлевки по дереву разных цветов

Каким цветом ламинат? ? Можно попробовать герметиком - силиконом, но это не надолго. Попробуйте клей ПВА и мелкие опилки разбавьте, смешайте и затрите эту царапину, после высыхания пройдитесь аккуратно шкуркой нулевкой после покрасьте краской цветом подобному ламинату Вашему, Не так будет выделяться и щели не будет.

Найдите герметик по цвету пола. Если не найдете-купите белый и к нему порошковый колер нужного цвета. Герметик только акриловый! Силиконовые красить, лакировать нельзя! Смешиваете до получения требуемого цвета, шпателем затираете, даете полимеризоваться пару дней и лакируете бесцветным лаком.

Да, можно! Сейчас на рынках строительных продаются специальные восковые карандаши разного цвета. Берете этот карандаш, натираете им царапину, потом затираете это место тряпочкой и все!