Если жёсткий диск не диск C а диск D забиивается полностью то комп тормозить начинает?

Если ПОЛНОСТЬЮ - то да, если есть какое-то количество места то практически не влияет на скорость работы.

начинает тормозить после засорения реестра и если долго не производить дефрагментацию

Всё зависит от того, какой диск у Вас является системным. при установке ОС можно выбрать диск для установки с абсолютно любой литерой, подтормаживание системы происходит из за недостатка места для хранения временных файлов по подкаталогах ОС.