Забавный вопрос, конечно
Вообще, у нас не такой размер материнского капитала, чтоб на его половину можно было реально дом построить. . =))
Но это лирика, собственно. По существу:
1. Владельцем (собственником) построенного или приобретенного дома будите Вы. Дети - Ваши наследники в равных долях, отцовство значения не имеет. Соответственно, доли в доме, равно как и во всем Вашем ином имуществе у них будут равные, если не существует специальных условий, установленных завещанием или, к примеру, дарением и т. д.
2. Насколько мне известно, материнский капитал неделим. Или туда, или туда.
3. При достижении Вашим ребенком предстуденческого возраста, я бы рекомендовал заключить соглашение об отказе от части наследственной доли в размере оплаты за обучение. Как-то так.