подскажите пож. куда обращатья с жалобой на частного перевозчика (маршрутное такси) Какая организация стоит над ними

Над частным перевозчиком не стоит никто, на то он и частный. Но есть контролирующие этот вид деятельности органы.
Организацию перевозок, маршруты контролируют муниципальные органы (например, департамент транспорта в местной администрации) , по лицензионным вопросам-Ространснадзор, за соблюдением правил дорожного движения следит ГИБДД.