Может ли администрация города забрать участок, который сама же дала в аренду? Только договор аренды просрочен.

Раз договор аренды "просрочен", то его, договора-то, и нет.
Следовательно администрация города свободна от любых обязательств, которые были возложены на нее "просроченным" договором, а следовательно вправе распоряжаться участком так, как ей заблагорассудится, в рамках закона естественно.