Счет-фактура оказалась от упрощенца с НДС, НДС уже предъявлен к вычету за 2 квартал.

если вы на ОСНО, то проблемы упрощенца вас волновать не должны, вы эту сч/ф принимаете как обычно. А вот у упрощенца будут проблемы. Его заставят подать декларацию по НДС, уплатить НДС и штраф за нарушение правил спецрежима.

если "упрощенец" указал в сч/ф НДС, то он обязан его оплатить государству. Вы спокойно ставьте на уменьшение. К сожалению, не помню статью.

По закону - правы все, кто пишет, что это ответственность поставщика. Это действительно он должен был отчитаться и заплатить НДС, раз уж выдал счет-фактуру.
Но на практике - выездная налоговая - запрос поставщику на встречную проверку - он не подтверждает - и это становится Вашей проблемой. Доказывать справедливость будете в суде, который должны выиграть по идее.
Такая проблема есть даже с поставщиками на ОСНО. Если они нарушают закон и не платят НДС, то налоговая пытается вменить покупателю обязанность проверять поставщиков и выбирать т. н. "добросовестных".
Это связано с фирмами-однодневками. Но не только. Пытаются оспорить вычет НДС даже при малейших несовпадениях в документах покупателя и поставщика.

Сейчас предприятия сами обязаны проверять лояльность и уставную деятельность контрагентов.

Письмо Минфина России от 10.04.2009 № 03-02-07/1-177
Представляется, что меры, включающие в себя получение налогоплательщиком от контрагента копии свидетельства о постановке на учет в налоговом органе, проверку факта занесения сведений о контрагенте в Единый государственный реестр юридических лиц, получение доверенности или иного документа, уполномочивающего то или иное лицо подписывать документы от лица контрагента, и так далее.

То есть предприятию вменяют в обязанность, знать получают они документы (счет- фактуры, накладные и так далее) –от какого предприятия и на каком налогообложении оно находиться.

Инспекция докажет вашу не осмотрительность и заставят доплатить налог в бюджет. Доказать свою правоту можно, только через суд. Каково будет решение суда? Кто знает.

Вопрос: Организация, применяющая УСН, выставила покупателю счет-фактуру с выделением суммы налога на добавленную стоимость и уплатит НДС. Должна ли она подать налоговую декларацию по НДС?

Ответ содержится в письмах:
Письмо Минфина РФ от 23 октября 2007 №03-07-11/512
Письмо Минфина РФ от 16 июля 2009 № 03-07-14/69
На основании п. 5 ст. 173 и п. 5 ст. 174 Налогового кодекса Российской Федерации организации, не признаваемые налогоплательщиками налога на добавленную стоимость в связи с применением упрощенной системы налогообложения и выставившие при реализации товаров (работ, услуг, имущественных прав) покупателям счета-фактуры с выделенной суммой налога на добавленную стоимость обязаны представлять в налоговые органы по месту своего учета соответствующую налоговую декларацию по данному налогу.

Заместитель директора
Департамента налоговой
и таможенно-тарифной политики
Н. А. КОМОВА

А у нас, в Казахстане, проще - такие вопросы решает камеральный контроль. Т. е. мы получаем уведомление о "нестыковочке" - у вас есть, а у вашего продавца нет этой суммы в отчете. Исправьте в срок, или уплатите штраф!