Договор с иностранным займодавцем. Может ли использоваться курс согласованный сторонами договора (отличный от курса ЦБ?

Можно! На то он и договор! Только нужно этот пункт четко прописать!

В российском законодательстве отношения сторон по договору займа регулируются параграфом 1, а по договору кредита - параграфом 2 гл. 42 ГК РФ.
В соответствии со ст. 807 ГК РФ по договору займа одна сторона (заимодавец) передает в собственность другой стороне (заемщику) деньги или другие вещи, определенные родовыми признаками. Заемщик возвращает заимодавцу такую же сумму денег (сумму займа) или равное количество других полученных им вещей того же рода и качества. Договор займа считается заключенным с момента передачи денег или других вещей. Эта сделка признается возмездной. Если в договоре не содержится положений по уплате процентов, их размер определяется исходя из ставки рефинансирования на день уплаты заемщиком суммы долга (п. 1 ст. 809 ГК РФ) . При получении иностранного займа используется ставка центрального банка того государства, в котором зарегистрирован кредитор.
Банк или иная кредитная организация предоставляют денежные средства заемщику в размере и на условиях, предусмотренных в кредитном договоре. Заемщик возвращает полученную денежную сумму и уплачивает начисленные на нее проценты (ст. 819 ГК РФ) . В отличие от договора займа, кредитный договор считается заключенным с момента его подписания, а не получения денег.

Можно, только ЦБ примут к НУ, а другой нет. Разница не будет уменьшать налогооблагаемую базу.

Можно, только для целей НБ нужно применять ст 259 НК РФ

Договор нужно граммотно составить. Желательно проконсультироваться с аудиторами и юристами . Вот сюда обратись. Люди предлагают юридическое сопровождение деятельности http://www.liga-consulting.ru/yuridicheskoe_soprov.html