Как рассчитать сумму НДС, подлежащую уплате в бюджет по операциям

Исходя из Вашего примера, облогаемых оборотов по НДС нет. К вычетам есть сумма НДС в размере 68644руб. Право на налоговый вычет у Вас сохраняется в течении 3-х лет. В данной ситуации можно рекомендовать Вам продать что-либо на небольшую сумму или внести в кассу небольшую сумму предоплаты в счет предстоящей реализаци. Хотя бы 100 рублей с целью создания кредиового оборота.. В этом случае у Вас будет"дебетовая"декларация, за которой последует камеральная проверка, в ходе которой будет проверенна каждая запятая в счет-фактуре. Или в следующем налоговом периоде, если пойдет реализация, 68644 руб. отнести к налоговым вычетам. Решать Вам.

По пени НДС не начисляются, пени по хоз договорам списываются в прочие доходы и расходы. Получили товар, при наличии счета-фактуры можно предъявить вычет по НДС. У вас нет реализации.
По твердому убеждению Минфина - нельзя. Ведь налоговый вычет уменьшает налоговую базу, а если ее нет, то и уменьшать нечего. Нужно подождать, когда налоговые обязательства по НДС возникнут, и лишь тогда заявлять ранее уплаченный "входной" НДС к вычету.
Данной точки зрения финансовое ведомство и налоговики придерживаются с завидным постоянством уже давно (см. , например, Письма Минфина России от 25.12.2007 N 03-07-11/642, УФНС России по г. Москве от 09.11.2007 N 19-11/106815). Повторена она и в недавнем Письме Минфина от 02.09.2008 N 07-05-06/191.
Между тем нормы п. 1 ст. 176 НК РФ прямо устанавливают следующее правило: если по итогам налогового периода сумма налоговых вычетов превышает общую сумму НДС, исчисленную по операциям, признаваемым объектом обложения НДС, то полученная разница подлежит возмещению (зачету, возврату) налогоплательщику в соответствии с положениями этой статьи. Иными словами, если нечего уменьшать, то сумма "входного" НДС просто признается излишне уплаченным налогом и возвращается налогоплательщику.
Какой-либо зависимости применения вычетов НДС по приобретенным товарам (работам, услугам) от фактического исчисления НДС по конкретным операциям, для осуществления которых приобретены данные товары (работы, услуги) , нормами гл. 21 НК РФ не установлено. На это указывают не только федеральные суды, но и ВАС (см. Постановление Президиума ВАС РФ от 03.05.2006 N 14996/05, Определения ВАС РФ от 11.06.2008 N 7390/08, от 03.04.2008 N 4274/08; Постановления ФАС МО от 10.07.2008 N КА-А41/4483-08, ФАС СКО от 26.06.2007 N Ф08-3731/2007-1497А, ФАС ЗСО от 14.07.2008 N Ф04-4268/2008(7947-А70-14), ФАС СЗО от 20.03.2007 N А56-20531/2005, ФАС ДО от 23.07.2007 N Ф03-А73/07-2/2899, ФАС УО от 09.08.2007 N Ф09-6238/07-С2).
Так что если не боитесь камеральной проверки и посудиться с налоговой предъявляйте 68644 рублей.
По пени не надо начислять НДС. Такой вывод закрепил ВАС РФ в своем Постановлении от 5 февраля 2008 г. N 11144/07