Я зарегистрирован как ИП. Ведут торговлю в МО, плачу ЕНВД. Хочу открыть интернет-магазин. Как мне платить налоги?

для интернет-магазина идеально подходит УСН, только вы уже не успели подать заявление на УСН, поэтому при открытии магазина придется отчитываться на ОСНО (с НДС)

Ведете раздельный учет. Причем на общем режиме вам необходим НДС - поэтому следите за документами.
То что нельзя разделить списываете в расходы по УСН или общему режиму пропорционально выручкам от ЕНВД и интернет-магазина.

Если выберете УСН доходы - будет проще считать, т. к. считать будете только выручку. С нее платим 6%.
Но для торговли больше подходит доход-расход. 15% в разницы между доходом и расходом.

С общим режимом сложнее.
Если грубо - возьмите доход, отнимите расход, посчитайте в том числе НДС 18%- это будет сумма НДС. Отнимите ее от разницы между доходом и расходом - умножьте на 20% - налог на прибыль. С зарплаты не 14%, а 26%.

Платите, как платите, Вот когда будет интернет магазин, тогда и решите. на какую статью налогообложения перейти.

При упрощенной системе учтите, что в налоговую базу включаются выручка от продаж и внереализационные доходы, определяемые согласно статьям 249 и 250 НК РФ (п. 1 ст. 346.15 НК РФ) . При продаже товаров через Интернет, как и при обычной торговле, основной объем поступлений составляют доходы от реализации. Доходы, перечисленные в статье 251 НК РФ, учитывать не нужно.
Согласно кассовому методу, который применяется при УСН, доходы признаются в день, когда ИП получил деньги на свой банковский счет или в кассу либо задолженность перед ним погашена иным способом (п. 1 ст. 346.17 НК РФ) . Значит, при торговле через интернет-магазин доходы необходимо отражать сразу после оплаты товара покупателем. Однако здесь есть некоторые нюансы.
Распространенная на практике ситуация: товары доставляет курьер и, получив наличные деньги от покупателей, сдает их в офис предпринимателя только на следующий день. В данном случае при определении момента возникновения налогооблагаемого дохода нужно придерживаться правил кассового метода. То есть выручку следует отразить в день, когда покупатель рассчитался за товар и курьер получил деньги.
Нередко интернет-магазины принимают оплату за товар через одну из платежных систем (например, WebMoney, Яндекс. Деньги, Google Checkout, PayPal). Для этого нужно зарегистрироваться в ней и заключить посреднический договор с гарантийным агентством. Доходом при таком способе оплаты будет вся сумма, снятая со счета покупателя (вместе с комиссией, удержанной агентством) . А датой его получения является день, в который деньги зачислены на расчетный счет продавца.
Если интернет-магазин подключен к таким платежным системам, как, например, Visa, MasterCard, Сберкарт или Union Card, покупатели могут оплачивать товары с помощью банковских карт, а агентом в этом случае является банк. Доходы в сумме, уплаченной покупателем (вместе с удержанной банковской комиссией) , образуются также в момент пополнения расчетного счета интернет-магазина.
Если покупатель проживает не в том городе, где работает интернет-магазин, товары ему чаще всего отправляются по почте. При этом продавец поручает почтовым работникам взыскать стоимость товара с покупателя (получателя) и перечислить (за вычетом комиссионных) на свой банковский счет. Если у предпринимателя нет счета в банке, он может получить деньги в почтовом отделении по месту своего проживания. Доходы при торговле наложенным платежом признаются в день, когда они получены на расчетный счет или в почтовом отделении. Как и в предыдущих случаях, учитывается вся сумма, заплаченная покупателем, включая сумму удержанной комиссии.

Хороший ответ :) человек спрашивает совет, для размышления, что бы понять какие ему потом налоги платить, а ему... там и увидите... Класс! О таком бухгалтере все руководители мечтают!