Сотрудникам по возвращении из командировки возмещаются проценты банков за снятие наличных в "чужих" банкоматах.

Cотрудники могут использовать в командировке корпоративные карты. Тогда вы %% за снятие наличных - с чистой совестью относите на расходы.
А вот пользоваться личными картами - не рекомендовано!

При осуществлении безналичных расчетов с подотчетными лицами следует иметь в виду, что перечисленные на корпоративную карту суммы могут быть расценены ревизорами как заработная плата, с которой не исчислены "зарплатные" налоги. Чтобы таких претензий не возникало, компании в положении о расчетах с подотчетными лицами нужно предусмотреть возможность выдачи денег под отчет в безналичном порядке путем перечисления их с расчетного счета на банковскую карту сотрудника. Дополнительным доказательством использования средств на карте для безналичной оплаты будет являться отчет работника по израсходованным суммам, к которому нужно приложить подтверждающие расходы документы. Предпринятые меры позволят обосновать перечисление на банковскую карточку сотрудника именно необлагаемых подотчетных сумм, а не выплату данным способом облагаемой налогами заработной платы.
Можно включить в прочие расходы при расчете налога на прибыль. В бух учете нужно сделать следующие проводки.
1)Перечислены средства на банковскую карту для
безналичной оплаты Д55 К51
2)Отражена комиссия банка за обслуживание карты Д91-2 К 55
3)Списаны с карточного счета деньги,
израсходованные работником Д71-1 К55
4)Приняты произведенные работником в служебной
командировке расходы Д20, 26, К71

если это их личная карточка-то нет. а если карта предприятия-то да

нет! это же не вина пп, а такие банковские приколы!