Как вести бухучет в ип, магазин запчастей?

У вас ЕНВД (если запчасти для собственных нужд у вас покупают) и общая система, если организации или ИП берут для перепродажи. . Если есть наемные работники -- то еще сдают отчеты в ФСС, ПФ и ФОМС. . Первичные документы - приход товара (накладные от поставщика) , расход - это либо накладная и счет-фактурана покупателя ( в случая опта) , либо для розницы что вам больше нравится. Обязательно кассовая книга. ККМ - для опта. Для розницы ККМ не нужен.

если есть наемные работники, то полностью кадровый учет, заявления, трудовые договора, табель, ведомость по зарплате, индивидуальные карточки. Обязательно кассовая книга и учет товара.

Вы можете выбирать между ЕНВД, Патентом и УСН. Нужно считать что выгоднее и что есть в вашем регионе. Все три налога считаются абсолютно по разному.
ЕНВД и УСН без работников можно уменьшать до 100% на сумму фиксированного взноса ИП в ПФР. С работниками - до 50% на сумму страховых взносов.
И также вы можете остаться на ОСНО, только это, обычно, самый невыгодный режим и самый сложный.
ЕНВД тут можно посчитать - http://ipipip.ru/envd/
УСН тут - http://ipipip.ru/ART/USN-d-USN-d-r.php
Патент можно тут - http://patent.nalog.ru/.
При приёме наличных при УСН нужен ККМ. При ЕНВД и Патенте не нужен до 1 июля 2018 года.
Можно сочетать для разных видов деятельности УСН, ЕНВД и Патент.