Может ли учередитель забирать прибыль из ООО.

Для этого и создавал ООО. Это и называется - дивиденды.

Учредитель ООО вправе получать дивиденды, начисляемые в соответствии с Законом об ООО и гражданским кодексом и выплачиваемые ему из чистой прибыли. Для этого ООО ОБЯЗАНО вести бухгалтерский учет и определять по его данным чистую прибыль. По данным бухгалтерской отчетности учредитель и принимает решение о размере дивидендов. И никакой альтернативной методики в России нет.

Индивидуальный предприниматель все остающиеся в его распоряжении доходы, с которых уплачены налоги, вправе использовать как личные средства без дополнительного оформления. ИП не уплачивает 9% НДФЛ с дивидендов, как ООО, и в этом его преимущество.

Может, при соответсвующем оформлении документов

< Учредитель > заплатит НДФЛ в размере 9 % с суммы полученной < прибыли > (п. 4 ст. 224 НК РФ) .
Для того, чтобы вычислить < прибыль >, которую может < забрать > < учредитель >, вам лучше составить хотя бы упрощенную бух. отчетность.
Есть и другой подход:
1. Решением собственника и приказом руководителя < ООО > утверждает методику расчета чистой < прибыли >.
2. Формулировка методики может выглядеть так: "В соответствии с п. 1 ст. 43 НК РФ, в < ООО > устанавливается, что под чистой < прибылью > общества понимаются средства, оставшиеся в ее распоряжении после уплаты единого налога, сумма которых, в свою очередь, определяется, на основании данных Книги учета доходов и расходов и содержания Налоговой декларации по единому налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы налогообложения за соответствующий год (период) ".
3. После этого, вы имеете право приказом руководителя (решением собственника) начислить дивиденды, удержать из них НДФЛ, перечислить НДФЛ в бюджет и выдать < учредителю > оставшиеся деньги.

Осложняет < ли > ситуацию, если учредитель является индивидуальным предпринимателем?
Нет, это никак не влияет.