Когда директор забирает всю выручку из кассы.. . Вопрос по распределению прибыли...

Естественно, так делать нельзя.
Правильно эту наличку инкассировать и класть на р/счет как выручку. Облагать всеми налогами. А потом, после окончания фин периода, оставшуюся чистую прибыль можно направить на выплату дивидендов (на основании Протокола собрания учредителей) , и не забыть обложить налогом на дивиденды. В общем, мало что и очень не скоро получит в таком случае Ваш директор.
В Вашей реальности предприятие попадает сразу на пучок нарушений и штрафов - от кассовой дисциплины до уклонения от уплаты налога на прибыль, плюс подоходный или налог на дивиденды (смотря как трактовать забранные директором суммы) . Оформлять это как подотчет тоже не выход, на мой взгляд - во первых, на какие нужды? Во-вторых, через 3 дня нужно или авансовый отчет с приложением документов, подтверждающих траты, или вернуть деньги в кассу. Придумать авансовых отчетов на каждодневную выручку, да еще без документов, сложно.
Что делать? Я думаю, реально, если придет налоговая, Ваш директор пригласит их в VIP-комнату своего ресторана и за вкусным обедом они "порешают вопросы". Хозяину проще иногда отлистать проверку энную сумму, чем регулярно платить налоги. И бухгалтер ему нужен прежде всего чтоб кассу считать. Главное - смотрите, чтобы Вас не сделали крайней!! ! Можете ли Вы доверять директору? Можете ли узнать, как закрывали вопросы по проверкам в прошлом?
Думаю, у директора нет причин специально Вас подставлять, но просто чтобы случайно не стать жертвой обстоятельств.

Если есть учёт выручки на фискализированном ЭККА или на расчётном счёте - есть и контроль со стороны налоговой. Все остальное идёт на карман директору, он хозяин - сам разберётся.

Система всегда одна, тем более если ООО. Есть официальная наличная выручка по кассе, директор забирает ее (пусть забирает если хочет) , но при этом должен оформляться РКО с указанием счетов и назначения выдачи, это в большенстве случаев выдача в подотчет, в ообщим должен быть документ на расход из кассы наличности, это обязательное выполнение кассовой дисциплины. А с 01.01.12 ИФНС теперь уполномочена проверять кассовую дисциплину, причем срок проверки не ограничивается тремя предыдущими годами.

Чтбы платить налоги не обязательно выручку сдавать на р/счет. Выручка согласно товарного отчета идет в кассу. А из кассы.... на р/сч. или под отчет, на расчеты с поставщиками (за нал) Диретор правильно делает, что забирает выручку, все так делают. Делая кассу выписывайте все, что сверх лимита ему под отчет. А он сам разберется что сделать с деньгами. Он сделает возврат неиспольз. ден. ср-в в кассу и сдаст в банк, чтоб заплатить налоги. Или принесет расходники от поставщиков за продукты (авансовый отчет). Главное вовремя ему напоминайте сколько денег у него под отчетом.

вот лично мне все равно как бухг. будет все это делать, для меня важно что б я просто забирал деньги и все, а об остальном уж пусть у нее голова болит!!! ну и конечно что б налогов было капли... не более половины ее зарплаты... вот такой расклад у меня в фирме!