Налоговая требует пояснений почему выручка по декл. на прибыль не сходится с выручкой в декл. по НДС.

Например, безвозмездная передача имущества, в целях исчисления НДС, признается реализацией, и начисляется НДС, а в целях налога на прибыль нет, в декларации не отражается.
При сопоставлении данных декларации по налогу на прибыль и НДС также нельзя говорить об одинаковом принципе признания выручки. В целях исчисления НДС важна отгрузка, а в бухгалтерском и налоговом учете выручку признают при переходе права собственности. Поэтому то, что отражено в декларации по НДС, вполне обоснованно может отсутствовать в декларации по налогу на прибыль.
В розничной торговле НДС начисляется с суммы всей выручки без учета возвращенных сумм, при возврате товара покупателю. (с последующей корректировкой), а в целях налога на прибыль выручка отражается за минусом возвращенных сумм.
Могут быть и другие причины. Проанализируйте.
Может были операции не подлежащие налогообложению НДС, а в разделе 7 декларации по НДС их забыли отразить! А в деклараации по прибыли отразили. Тогда надо дать уточненку по НДС и указать эти операции в разделе 7.

Вопрос Начинающему бухгалтеру: а вы лично при подготовке отчетности проверяли - откуда расхождения?
Вот сейчас самое время проверить все и в случае обнаружения ошибки - сдать корректировки! И тогда в ИФНС напишете письмо о том, что внесены исправления и все сдано в налоговую.

Может у вас был товар без НДС?