Как быть если упрощенец выставил сч-ф с НДС и теперь налоговая требует уплату большого НДСа, а фирма сейчас не работает

Посмотрите какое письмо есть по этому поводу
УПРАВЛЕНИЕ ФЕДЕРАЛЬНОЙ НАЛОГОВОЙ СЛУЖБЫ
ПО Г. МОСКВЕ
ПИСЬМО от 5 апреля 2010 г. N 16-15/035198
Если продавец, применяющий упрощенную систему, выставил покупателю счет-фактуру с выделением суммы НДС, то он обязан исчислить и уплатить в бюджет сумму НДС, которая определяется как сумма налога, указанная в соответствующем счете-фактуре, переданном покупателю товаров (работ, услуг) . Об этом говорится в п. 5 ст. 173 Налогового кодекса РФ.
Право на вычет НДС, предъявленного по такому счету-фактуре по приобретенным покупателем товарам (работам, услугам) , у плательщика НДС (покупателя) не возникает, так как на основании п. 2 ст. 171 НК РФ вычетам подлежат суммы налога, предъявленные плательщиком НДС (продавцом) в соответствии с п. 1 ст. 168 НК РФ плательщику НДС (покупателю) при приобретении товаров (работ, услуг) на территории России.
Таким образом, суммы налога, предъявленные налогоплательщиком, применяющим упрощенную систему, плательщику НДС, вычетам не подлежат, так как лицо, применяющее упрощенную систему, первоначально не признается плательщиком НДС.

Это одна из основных схем возмещения НДС и налоговая её знает. Самое простое, бросить фирму. Если нет, то можно отказаться отфакта выставления счет-фактуры упрощенцем, нол тогда Вы подставите своих покупателей. Либо платить НДС. Если налоговая зацепила, то пиши: пропало. Если счет-фактуру выставляли, тообязаны заплатить НДС в бюджет, более того, должны сдатьдекларацию по окончанию периодав кот выставлена счет-фактура.

сказать налоговой, что б НДС требовали от упрощенца.
Ибо он его Вам выставил, а Вы (как добросовестный плательщик) ему его заплатили. Основанием для такого вывода может служить ст169 НК РФ, согласно которой Ваши действия являются законными.