Подскажите пожалуйста, сотрудник работал по совмещению с августа 2009г. и увольняется 1 июня 2010г.

1. выплачиваеся!
вы можете даже и не знать есть ли у него другое место работы, это вас не касается.. .
совмещение учитывается только при предоставлении льготы по НДФЛ - только по основному месту работы чтобы не предоставить лишнего.. .

2. последний день увольнени считается рабочим, поэтому за июнь тоже должны начислить з/пл.. .
3. при подсчёте стажа для определения количества дней неиспользованного отпуска, за полные месяцы 2,33 дня, за месяц отработанные менее половины - откидывается (допустим он был принят 20-го числа на работу) а месяц отработанный больше половины (например 10 числа приняли) считается полностью 2,33 дня неиспользованного отпуска.. .

теперь считаем: 28 дн положено отпуска / 12 месяцев в год * 8 (или 9 если в августе отработал более половины месяца) = 21 или 23 дня отпуска вы ему оплачиваете.. .

среднюю заработную плату за месяцы работы складываете и делите на
29,4 * кол-во полностью отработанных месяцев + 29,4 / кол-во календарных дней в неполностью отработанном месяце * количество отработанных календарных (!) дней.. .
и умножаете на количество дней положенного отпуска.. .
потом отнимаете НДФЛ 13%...

считаете зарплату за май и зарплату за июнь, тоже отнимаете ндфл и выдаёте 01.06.2010г. в день увольнения сотрудника

выплачивается

Согласно ТК сотрудник, работающий по совместительству имеет право на ежегодный отпуск наравне с основными работниками, и соответственно при увольнении компенсация за неиспользованный отпуск ему также положена.