Оплата командировочных расходов сотруднику работающему менее 1 года.

В Вашем вопросе меня смутила фраза :

«Типа весь суммарный мой доход поделила на кол-во рабочих дней за предыдущий календарный год, соотв-но у меня все многократно уменьшилось»

Порядок расчета среднего заработка, сохраняемого за работником во время нахождения в служебной командировке, установлен ст. 139 ТК РФ и Положением об особенностях порядка исчисления средней заработной платы, утвержденным Постановлением Правительства РФ от 24.12.2007 N 922.
В общем случае расчет производится исходя из фактически начисленной заработной платы и фактически отработанного времени за расчетный период, который включает 12 месяцев, предшествующих периоду, в течение которого за работником сохраняется средняя заработная плата. При этом календарным месяцем считается период с 1-го по 30-е (31-е) число соответствующего месяца включительно (ч. 3 ст. 139 ТК РФ, п. 4 Положения об особенностях порядка исчисления средней заработной платы) .

В данном случае расчетный период составляет ( с ноября по март), если в командировке были в апреле)

В частности, для расчета среднего заработка учитываются заработная плата, начисленная работнику по должностному окладу за отработанное время, а также премии и вознаграждения, предусмотренные системой оплаты труда ( с ноября по март) если в командировке были в апреле)
При расчете среднего заработка используется средний дневной заработок, который исчисляется путем деления суммы заработной платы, фактически начисленной за отработанные дни в расчетном периоде, на количество фактически отработанных в этот период дней (абз. 3, 5 п. 9 Положения об особенностях порядка исчисления средней заработной платы) .
Поэтому попросите представить расчет командировочных и уточните какой расчетный период брался в расчет 12 месяцев или 5 месяцев.

Вопрос сформулирован несколько некорректно. Видимо, здесь имеется ввиду оплата дней отсутствия работника на работе во время его командировки. Если зарплаты в этом году увеличилась по сравнению с прошлым годом, а средний заработок считается за год, то естественно, он будет меньше, чем текущий за этот год. Да еще здесь есть некоторые нюансы. Нужно знать, какие были начисления. Но за три дня, думаю, много не потеряли.

стаж рояли не играет

Вы немного некорректно задали вопрос.
Командировочными расходами являются суточные, которые выплачиваются за время нахождения в командировке и для бюджетников, скорее всего, они составляют 700 руб в сутки и не завияст от размера заработной платы.
Вы, наверное, имеете ввиду заработную плату, которую Вам выплатили за время нахождения в командировке.
Порядок определния заработной платы за время нахождения в командировке установлен Положением об особенностях порядка исчисления средней заработной платы, утвержденным Постановлением Правительства РФ от 24.12.2007 N 922 .
Согласно данному нормативному акту расчет средней заработной платы работника производится исходя из фактически начисленной ему заработной платы и фактически отработанного им времени за 12 календарных месяцев, предшествующих периоду, в течение которого за работником сохраняется средняя заработная плата. При этом календарным месяцем считается период с 1-го по 30-е (31-е) число соответствующего месяца включительно (в феврале - по 28-е (29-е) число включительно) .

Герда права, а Сергей - не совсем. При расчете заработка "по среднему" берется больший из полученных расчетным путем за отработанное время или с учетом повышения оклада. Поэтому, скорее всего, "программа посчитала" вам за 12 месяцев, а нужно было за фактически отработанное время - ведь Вы отработали меньше года, я правильно поняла?

в поисковике так и наберите: расчет командировочных в бюджетной организации