Как правильно вести учет тех материалов и основных средств, срок использования котрых уже истек, но они еще используютс

Все зависит от того как у вас организован аналитический учет и контроль этих объектов.
Да же если объекты по стоимости списаны (я имею в виду материалы) например калькулятор или с амортизированы все равно у вас оформлена карточка учета данных объектов, где и указывают все что с этим объектом происходит: ремонт, дооборудование, переоценка, списание, продажи, утилизация и т. д.
Как часто у вас на предприятие осуществляется инвентаризация основных средств, материалов?
Назначены ли материально - ответственные лица за контроль и эксплуатацию данных объектов приказом руководителя?
Например если вы выдаете своим сотрудникам калькуляторы, спецодежду при увольнении сотрудник должен сдать эти вещи? Как это определить? Закрепить и разработать бланк - обходной лист, где видно что данные вещи он сдал на склад - роспись кладовщика или М. О. Л.
А "дореволюционный способ" - присвоение инвентарного номера объекту. Напишите его на объекте краской, которую трудно стирать.
Пофантазируйте учитывая особенности своего предприятия, вид деятельности и количество таких объектов!! !
Успехов и удачи.

Вы все свалили в кучу! Основные средства-это одно, материалы -это другое.
Основные средства, даже если истек срок действия, и полностью начислены амортизационные отчисления по ним, но продолжают работать, то пусть основные средства и работают, вы же затрат на них никаких не производите, поэтому они работают на ваши результаты-прибыль. Пусть работают, пока не поломаются, вот если поломаются тогда вы составляете акт на списание и списываете с баланса.
Основные средства учитываются на 01 "Основные средства" и 02 "мортизация основных средств".
Материалы-оборотные средства, если они вам не нужны продайте по рыночным ценам. Если физически они износились, т. е. потеряли свою ценность, и не могут быть использованы, придется списать, значит это ваши убытки. Для этого тоже надо приказ издать о содании комиссии, которая признает ваши материалы не пригодные к эксплуатации.
Материалы ведутся на 10 счете, в разрезе аналитических счетов: 10/1,10/2,10\3 и т..