Добрый день. Имеет ли право юр. лицо оплатить личные налоги директора (налог на имущество, транспорт) со своего р/с?

На прямую лучше этого не делать. Мы завели директору его личный счет физлица с ситемой банк-клиент в банке, где расчетный счет предприятия, перечисляем на него зарплату и другие выплаты, а уже со счета физлица бухгалтер оплачивает его налоги. Затраты только открытие счета для физлица, ключ банк-клиента на год. Обслуживание счета ничего не стоит. Мы таким образом почти все личные оплаты руководства делаем.

Нет не имеет право, т. к. уплата налогов третьими лицами запрещена.

А почему нет. Я думаю можно, если написать письмо от директора, что мол прошу мою заработную плату перечислить туда-то и туда-то - на оплату налогов, коммунальных услуг и проч, погашения кредита, например, я так делала, погашала кредит с расчетного счета фирмы.

На основании ст. 45 Налогового кодекса РФ налогоплательщик обязан самостоятельно исполнить обязанность по уплате налога. Так как в силу ст. 357 НК РФ плательщиками транспортного налога признаются лица, на которых в соответствии с законодательством РФ зарегистрированы транспортные средства, эти лица и обязаны уплачивать транспортный налог.
Другие физические или юридические лица за них это делать не могут. Такую позицию занял и Конституционный Суд РФ, который в своем Определении от 13.10.2009 N 1380-О-О указал, что работодатель не вправе за своего работника перечислять транспортный налог.
Однако налогоплательщик может участвовать в отношениях, регулируемых законодательством о налогах и сборах, как лично, так и через своих законных или уполномоченных представителей. Причем уполномоченными представителями могут быть не только физические, но и юридические лица. Их полномочия должны быть подтверждены нотариально удостоверенной или приравненной к нотариально удостоверенной доверенностью (п. 3 ст. 29 НК РФ) .
Из всего вышеизложенного следует: вместо заявления работник должен передать на предприятие заверенную нотариусом доверенность, которой он уполномочивает свою организацию уплатить за него транспортный налог. В таком случае работодатель вправе перечислить за этого своего работника транспортный налог.

Такое редко бывает. но почему бы и нет в счет его з/пл.

Конечно нет. при налоговой проверке данная уплата будет признана его доходом.