Эл. отчётность – оператор принял, УПФР – отклонил. Нарушены ли сроки?

Для ПФР подтверждением сдачи почему-то как раз является именно протокол от самого ПФР, а не оператора связи.
При эл. документообороте с ПФР нет понятия "Подтверждение оператора связи", но есть понятие "квитанция о доставке".
В соответствии с Распоряжением Правления ПФР 190 р от 11.10.2007:
"....при этом отправленные сведения считаются представленными своевременно, если дата их доставки в территориальный орган ПФР будет не позднее срока, установленного действующим законодательством Российской Федерации". Далее "Факт доставки документов подтверждается соответствующей квитанцией о доставке, сформированной в соответствии с «Протоколом обмена документами в системе электронного документооборота ПФР» .
Но шансы побороться наверно есть. Вот ссылка не совсем то но кое-какую аналогию провести можно

Это какой-то нонсенс. У Вас новая организация?

Самое забавное, что компании в ПФ идентифицируются по рег. номеру прежде всего, хотя они конечно должны видеть, что все остальные данные, как то - название, ИНН и т. п. отличаются и уведомлять налогоплательщика об ошибке в оговоренные законом сроки (а не через месяц, как это у них сейчас происходит) . НО! Ничего этого они не делпют, потому что у них там бардак, новые люди, которые все путают (понять их конечно можно, но от этого не легче) .
По опыту общения с налоговой в такой же ситуации могу сказать одно - оператор валит на налоговую, налоговая на оператора, а крайний - налогоплательщик - концов нет, поэтому - бдительность! , подтверждение доставки отчета хотя бы по телефону, в особенности если все мыслимые сроки прошли... .
А в этой ситуации попробуйте письменно от них поотбиваться - возьмите у оператора документ об отправке вашего файла, выписки из закона об ЭЦП, сроках подготовки протокола ПФ и т. п.... может и прокатит.
Если же нет - попробуйте в суде доказать свою правоту.

У вас один выход обратиться в суд. Пенсионному фонду что либо доказывать бесполезно. Обратитесь к грамотному адвокату. Знаю про один такой же подобный случай. Организация заплатила минимальный штраф.
Но удивляюсь вашей беспечности. Мы когда сдавали полугодовую отчетность, мне пришел протокол и от оператора и от ПФР, но мы не поленились и сходили, поставили печать в ПФР, на их же протокол.
Штрафы у них не маленькие поэтому проблем не хочется.