Организация работает по бн/р с НДС, но иногда бывают сделки за наличныый расчет, что лучше открыть ИП или еще ООО?

Если нет кассового аппарата, то разницы никакой ООО или ИП!
расчет налом возможен тока если вы выписываете счет-квитанцию, а клиент оплачивает наличкой через банк.
Есть еще вариант, если Вы регистрируете, ИП на вмененый доход, но данный вид налогооболжения, есть не во всех регионах. Насколько я знаю Москва, к ним не относиться. По моему такой вариант возможен при регистрации в области.

ООО. и приобрести кассовый аппарат.

Вы не уточнили: у Вас покупают или Вы покупаете. Если Вы покупаете, то ничего менять не надо. Берите счет-фактуру и оформляйте НДС как обычно. Форма оплаты здесь роли не играет.
Если у ВАс покпают, то это более сложный вопрос. Если после вас товар покупает физическое лицо или ИП, то ему НДС по барабану. Тогда лучше всего УСН. Она возможна как при ИП, так и ООО. Если товар после переработки будет продан юридическому лицу, то там важен НДС. Тогда ничего можно и не менять.

При наличных расчетах лучше ИП, при условии, что сделки за наличный расчет осушествляются с населением, т. к. эта деятельность попадает под ЕНВД. Если наличкой расчитывается организация и Вы даете вместе с чеком накладные, акты и т. д. , то можно работать в рамках одного ООО дабы не усложнять жизнь своей бухгалтерии. Удачи Вам