наша организация работает без ндс, но на общих налогах. куда распределять входящий ндс?

еще б вы на русский перевели ?
"без ндс, но на общих налогах"

если вы на УСНО - вы не являетесь плательщиком НДС - соответственно не можете выставлять его заказчику, а он его предъявлять затем бюджету.

Мало ли что заказчик просит.... Если его просьбы незаконны, то их выполнение выйдет вам "себе дороже"....Если вы освобождены от НДС, но находитесь на ОСНО (это также допускается при определенных условиях) , то НДС ни в каких документах не выделяется.

"входящий НДС" получают с услугами.. .
вы же "выставляете" заказчику в КС-3...
вас какой из этих НДС интересует?

Поскольку по операциям, освобождаемым от НДС в соответствии со статьей 178 Кодекса, специального порядка учета "входного" НДС не установлено, применяются общие положения главы 21, в соответствии с которыми "входной" НДС в отношении операций, освобождаемых от налогообложения, принимается к вычету при исчислении налога на прибыль организаций (учитывается в стоимости товаров, работ, услуг) , аналогично порядку, изложенному в статье 170 Кодекса, для операций, освобожденных от налогообложения в соответствии со статьей 149 Кодекса.
В соответствии с п. 8 ст. 145 НК РФ суммы НДС, принятые налогоплательщиком к вычету в соответствии со ст. 171 и 172 НК РФ до использования им права на освобождение от исчисления и уплаты НДС, по товарам (работам, услугам) , в том числе основным средствам и нематериальным активам, приобретенным для осуществления операций, признаваемых объектами обложения НДС, но не использованным для вышеуказанных операций, после отправки налогоплательщиком уведомления об использовании права на освобождение от НДС подлежат восстановлению в последнем налоговом периоде перед отправкой уведомления путем уменьшения налоговых вычетов.
Суммы НДС, уплаченные по товарам (работам, услугам) , приобретенным налогоплательщиком, утратившим право на освобождение, до утраты указанного права и использованным после утраты им этого права при осуществлении операций, признаваемых объектами налогообложения, принимаются к вычету в общеустановленном порядке.

у вас льгота?? ? я тоже не поняла, как это на общих налогах но без НДС?

На основании формы КС-3 выписывается счет-фактура, при проверки Вы доплатите НДС. Интересно, а как у Вас заказчик принимает и оплачивает?