Как вернуть ошибочный НДС (ИП, работаю без НДС, единый налог)

В налоговую же и обращаться. Брать письмо клиента с точным перечнем ошибочных платежек, писать письмо на имя начальника ФНС с пояснением ситуации и сдавать это в налоговую.

Чтобы выяснить, почему в платежке указан НДС, инспектор должен запросить у вас письменные пояснения (Пункт 3 ст. 88 НК РФ) либо вызвать вас для дачи пояснений (Подпункт 4 п. 1 ст. 31 НК РФ) в рамках той камеральной проверки, при которой запрашивал у банка выписку. Но нередко налоговики поступают намного проще:
- блокируют ваш расчетный счет за непредставление декларации по НДС (Пункт 3 ст. 76 НК РФ);
- списывают указанный в платежке НДС по инкассо.

Все это незаконно. Нельзя доначислять налоги, а также делать вывод о том, что у того или иного лица возникла обязанность представить декларацию и уплатить налог, на основе одной только выписки банка, без изучения первичных документов и установления существа хозяйственных операций в рамках проводимой по закону проверки. Ведь в этом случае вывод о выставлении вами счета-фактуры будет иметь лишь предположительный характер, не подкрепленный собранными в соответствии с НК РФ доказательствами (Пункт 4 ст. 101 НК РФ; Постановление ФАС СЗО от 17.10.2008 по делу N А21-13/2008). Собственно, таким доказательством мог бы быть только сам счет-фактура, но вы его не выставляли, и у инспекции его быть не может.
Так что действия инспекции удастся оспорить. Я бы еще проценты с них взяла за незаконное пользовоние чужими денежными средствами.