по какой системе платит налоги ООО, которая сдает в аренду бутики индивидуальным предпринимателям?

Не все налоговики бараны. В отношении ваших налогов, здесь ваш статус не играет роли. Что у вас указано в правоустанавливающих документах, экспликация есть? ЕНВД платиться только в том случае, если вы сдаете в аренду торговые места.
Торговое место- место, используемое для совершения сделок розничной купли-продажи. К торговым местам относятся здания, строения, сооружения (их часть) и (или) земельные участки, используемые для совершения сделок розничной купли-продажи, а также объекты организации розничной торговли и общественного питания, не имеющие торговых залов и залов обслуживания посетителей (палатки, ларьки, киоски, боксы, контейнеры и другие объекты, в том числе расположенные в зданиях, строениях и сооружениях) , прилавки, столы, лотки (в том числе расположенные на земельных участках) , земельные участки, используемые для размещения объектов организации розничной торговли (общественного питания) , не имеющих торговых залов (залов обслуживания посетителей) , прилавков, столов, лотков и других объектов.
А площадь торгового зала, в свою очередь, это часть магазина, павильона (открытой площадки) , занятая оборудованием, предназначенным для выкладки, демонстрации товаров, проведения денежных расчетов и обслуживания покупателей, площадь контрольно-кассовых узлов и кассовых кабин, площадь рабочих мест обслуживающего персонала, а также площадь проходов для покупателей.
Таким образом, исходя из описанной вами ситуации, вы не попадаете по уплату ЕНВД, так как сдавать в аренду будете часть торгового зала.

если свидетельство на право собственности получено на бутик то, я думаю УСН

Только УСНО

Это еще зависит от того за сколько сдаете узнайте в гни