Опытные бухгалтера помогите с НДС

Так по всей видимости у Вас не то что вычеты, а возникло право на возмещение. То есть сумма вычетов превысела сумму НДС к уплате, и теперь Вы планируете вернуть его из бюджета? Даже если бы ВЫ подали впервые основную декларацию (не уточненную) , то камеральную проверку в рамках ст. 88 НК РФ провели бы в любом случае. Так как указанная обязанность налогового органа возникает с подачи любой декларации (не важно по какому налогу и с каким начислениями) . Так что бояться совершенно не стоит. Здесь результат будет такого характера: либо возместят, либо откажут и все. А что касается уточненок, так вы их сдавать можете каждый день. Здесь вопрос, наверное в другом, ВЫ предполагаете, что Вас могут отправить на выездную налоговую проверку, проводимую в рамках ст. 89 НК РФ. Где рассматриваемый период деятельности организации 3 года и выбирается практически вся первичная документация. Так это тоже не факт. ДЛЯ проведения ВНП нужны веские основания, а не указанные Вами.

Если по итогам декларации будет ндс к возмещению, то камеральная проверка будет обязательно. Проверка - это не опасно, обычный порядок дел.
Налогоплательщик не обязан осуществлять налоговые вычеты по ндс, а имеет право это делать, которым может не пользоваться.
Если ваше руководство согласно не возвращать фирме уплаченный ранее ндс, то можно уточненные декларации не предоставлять в фнс.