РКО в торговой организации относится к внереализационным расходам или косвенным??

Да расчетно-кассовое обслуживание это внереализационные расходы
Специфика налогового учета расходов на оплату банковских услуг заключается в том, что в гл. 25 НК РФ содержится две нормы, в соответствии с которыми можно признать данные расходы в целях налогообложения прибыли. Во-первых, расходы на оплату услуг банков упоминаются в пп. 25 п. 1 ст. 264 НК РФ. То есть они могут быть включены в прочие расходы, связанные с производством или реализацией.
Во-вторых, расходы на услуги банков поименованы в пп. 15 п. 1 ст. 265 НК РФ в составе внереализационных расходов.
Если некоторые затраты с равными основаниями можно отнести одновременно к нескольким группам расходов, налогоплательщик вправе самостоятельно определить, в какую именно группу он будет включать данные затраты. Такое правило установлено в п. 4 ст. 252 НК РФ. Получается, организация сама выбирает, как она будет отражать расходы на оплату банковских услуг - признавать их в составе прочих или внереализационных расходов. Выбранный вариант учета ей следует зафиксировать в учетной политике, применяемой для целей налогообложения.
В то же время Минфин России настаивает на том, что при исчислении налога на прибыль расходы на оплату услуг банков относятся к прочим расходам, только если они непосредственно связаны с производством и (или) реализацией. В остальных случаях указанные затраты следует отражать в составе внереализационных расходов (Письма Минфина России от 16.01.2008 N 03-03-06/1/7, от 24.12.2008 N 03-04-06-01/387 и от 23.12.2009 N 03-03-06/1/824).

РКО - это первичный кассовый документ, напрямую к расходам не относится.

Тут косвенные вообще не причем. Есть расходы - на реализацию, внереализационные, операционные. А "Косвенные" - это другое. Средства проведенные по РКО относятся к внереализационным расходам.